安徽皖垦种业股份有限公司（以下简称“皖垦种业”）较早成立于1996年6月，是安徽省农垦集团控股，中国种子集团、安徽国元金控集团、安徽国控集团等参股的股份制公司，注册资金15000万元。依托省农垦集团，公司在农垦系统内拥有10个标准化种子育繁基地，总面积约20万亩，是安徽省专业从事农作物种子生产、加工、科研、销售及技术服务于一体的推育繁一体化种业企业。
安徽皖垦种业股份有限公司主要产品是“皖垦”牌小麦种子、常规水稻种子、杂交玉米种子及大豆种子，年销售各类作物种粮产品约1亿公斤。公司小麦种子和常规糯稻种子在安徽省内市场占有率常年保持前列，杂交玉米业务具有一定基础，公司已着手挺进杂交水稻业务。
2018年，皖垦种业被安徽省国资委遴选确定为国资委国企改革“双百行动”企业。2019年8月，省农垦集团为促进皖垦种业双百行动改革任务的落地，出台了皖垦种业体制改革试点工作方案，十项改革任务力求推动皖垦种业加快企业内部体制机制改革创新，提高公司推育繁一体化发展水平。
2019年9月以来，安徽皖垦种业股份有限公司整合相关种业资源，以做强水稻、做稳小麦为主线，以上市为目标，实施了皖垦种业上市行动计划，坚持“统一营销体系、统一科研体系、统一生产标准和统一内控管理”的四统一管理，全力打造皖垦软麦、绿稻红花等系列新品种，建立标准化智能化示范基地，深耕细分市场，积极开发新市场。
安徽皖垦种业股份有限公司连续多年被中国种子协会认定为“中国种业AAA信用企业”、“中国种业信用骨干企业”，被安徽省有关部门认定为“省级农业产业化龙头企业暨甲级队”、“A级纳税单位”、“省属企业文明单位”。“皖垦”品牌连续四届蝉联“安徽省商标”称号。2017年9月，公司当选为中国种子协会小麦分会副会长单位。2020年9月，公司当选为安徽省种子协会小麦分会会长单位。